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From 3dbrew
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CTR CPU B

G ? CS1 ? ? D5 D2 RST CLK G G X X 3v3 3v3 3v3 ? ? ? IRIRQ ? ? G
? ? CSx CSy ? D6 D3 D0 IRQ CS1 G G G G 3v3 3v3 G ? ? ? ? ? ?
? ? ?
CLK D0 + D7 D4 D1 DET CS2 G G G 3v3 3v3 G 3v3 3v3 3v3 ? ? ? ? ? IRRX ? ? ?
D1 D2 D3 G 1v2 3v3 G 1v2 3v3 G 1v2 G G 1v2 3v3 G 1v2 3v3 G 1v2 3v3 G 1v2 3v3 G ? ? ?
CMD IRQ WP 3v3 1v2 ? ? ?
CLK D0 1v2 1v8 ? ? ?
D1 D2 D3 G 3v3 G 3v3 G 1v2 G 3v3 G 1v2 G 3v3 G 1v2 G 3v3 G G ? ? ?
CMD 3v3 G 3v3 G 3v3 G 3v3 G 3v3 G 3v3 G 3v3 G 3v3 G 1v2 1v2 ? ? ?
1v2 1v2 G 1v2 G 1v8 ? ? ?
? ? ? G G 3v3 G 1v8 G ? ? ?
? ? 3v3 3v3 G 1v2 G 1v2 ? ? ?
1v2 G 3v3 G 1v8 1v8 ? ? ?
G 1v2 G 1v8 G G ? ? ?
SCL 3v3 G 3v3 G 1v2 1v2 ? ? ?
SDA 1v2 3v3 G 1v8 G 1v8 ? ? ?
? ? G G 1v2 G 1v8 G ? ?
? ? ? 1v8 1v2 G 1v8 G 1v2 ? ?
? ? ? 1v2 G 1v8 G 1v2 1v8 ? ? ?
? ? ? G 1v8 G 1v8 G G ? ? ?
? ? ? 1v8 G 1v8 G 1v8 1v2 ? ? ?
G ? ? 1v2 1v2 G 1v8 G 1v8 G 1v8 G 1v2 G 1v8 G 1v8 G 1v8 G 1v8 ? ? ?
? ? ? G G 1v8 G 1v2 G 1v8 G 1v2 G 1v8 G 1v2 G 1v8 G 1v2 G ? ? ?
? ? ? 1v8 1v2 ? ? ?
? ? ? 1v2 1v8 ? ? ?
? ? ? G 1v8 1v2 G 1v8 1v2 G 1v8 1v2 G 1v8 1v2 G 1v8 1v2 G 1v8 1v2 G 1v8 1v2 G ? ? ?
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? B PADR PADD G ? ? G ? ? ? ?
? ? ? ?
G G ? ? ? ? ? A STRT PADU L Y ? ? ? ? ? ? ?
G ? ? ? ? ? SLCT PADL R X ? ? ? ? ? ? G

legend:

Main
Gamecard
SDCARD SDIO
NAND SDIO
WIFI SDIO
SPI
I2C-X
I2C-Y
I2C-3
Pad
FCRAM
Camera
WIFI
GPIO
LCD0 (small)
LCD1 (big)
CODEC (unknown)
MCU (unknown)
POWER
Ground

Orientation: Triangle bottom right on the PCB.